중앙정부의 경직된 기금운영에서 지역 특성이 반영된 유연한 기금운영이 필요하다. 단기적으로는 주택도시기금 운영 주체인 국토교통부 장관은 주택 및 도시의 개발 및 활용을 위한 사업 등을 위한 지원 시, 주택도시기금 운용계획과 별도로 기금운용으로 생기는 수익금 일부에 대해 추가지원이 가능하도록 개선해야 한다. 이를 통해 주택 및 도시환경의 변화에 따른 작동시스템 변화가 필요하며, 지자체를 포함한 실질적 운영 주체인 지방공사의 역할 재정립이 선행될 필요가 있다.
장기적으로는 지방자치단체의 지속가능한 재무적 뒷받침을 위해 각 지방자치단체의 도시기본계획, 도시재생전략계획, 주거종합계획 등에서 공공성·사업성 등 일정요건을 충족하는 경우 출자와 투·융자가 가능하도록 확대가 필요하다. 즉, 기존 사업 단위 개별지원에서 지역단위 종합지원으로 개편 또한 요구된다.
주택도시기금은 사업단위별 융자 등 지원에 따라 지자체의 장기적이며 종합적인 정책을 실행하는 데 한계가 있다. 현재 지방자치단체에 대한 기금의 출자·출연 또는 융자 등 재정지원에 관한 법령의 명시적인 근거가 없다. 이에 다수의 시·도에서 주거복지 및 도시재생 사업의 다각적인 재원조달 차원에서 중앙과 지방 간 역할 배분을 최적화해야 할 것이다.
따라서 주택도시기금의 구조개혁을 통해 개발사업의 공정한 경쟁구조를 이루는 것이 지역 균형발전의 시작이며, 지자체를 중심으로 지역의 특성이 반영된 고유의 사업이 시너지 효과를 낼 수 있도록 개편이 필요하다.