지방공공기관 웹진

지방자치단체의 직영사업과 부가가치세

지방자치단체도 원칙적으로 부가가치세를 납부할 의무가 있다(부가가치세법 제3조 제1항). 하지만, 지방자치단체는 공익적 목적으로 재화나 용역을 공급하고 실비 수준의 대가를 받는 것이 일반적이므로 정책적으로 부가가치세 부과를 면제하되, 예외적으로 민간업체와 경쟁관계가 있는 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업 등에 대해서는 공정한 경쟁을 보장하기 위하여 부가가치세를 부과하고 있다(부가가치세법 제26조 제1항 제19호 및 같은 법 시행령 제46조).

부가가치세 면제대상 범위는 지방자치단체가 공급주체가 되어 자신의 명의와 계산으로 공급하는 재화 또는 용역이며, 지방자치단체로부터 시설의 관리 등을 위탁받은 단체가 그 명의와 계산으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 여기에 해당하지 않는다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두3527 판결 참조). 즉, 지방공공기관의 지방자치단체의 사무를 맡아서 수행하는 위탁 및 대행의 경우는 별도로 검토되어야 한다.

지방공사 및 지방공단의 위탁사업과 부가가치세

지방자치단체 위탁에 의하여 수탁기관은 자신의 명의와 계산으로 행정사무를 처리하므로 원칙적으로 부가가치세를 부담한다. 즉, 수탁기관은 위탁받은 용역을 공급하는 지위를 가지며, 지방자치단체는 그 용역을 공급받는 지위를 가지므로, 수탁기관이 지방자치단체로부터 용역의 대가를 받으면 납세의무를 부담하는 것이다.

여기서 수탁기관이 지방자치단체로부터 받은 용역 대가 전부를 과세표준으로 하여야 하는지 아니면 인건비, 경비 등의 사업비를 제외한 위탁수수료만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 납부하여야 하는지 논란이 있다. 하지만, 대법원은 대가 전부를 기준으로 부가가치세를 부담하여야 한다고 하였다(대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410 판결 등).

따라서 지방공사 및 지방공단이 자신의 명의와 계산으로 수행하는 위탁사업의 경우에는 지방자치단체로부터 지급받은 대가 전부를 과세표준으로 하여 부가가치세를 원칙적으로 부담하는 것이다. 다만, 위탁의 명칭에도 불구하고 지방자치단체의 명의와 계산으로 사업을 수행하는 예외적인 경우에는 실질과세의 원칙(국세기본법 제14조 등) 등에 따라 지방자치단체를 납세의무자로 보아 부가가치세 면제 여부를 판단하는 예외적인 경우가 있을 수 있다. 행정해석도 “한국환경공단(이하 “수탁자”)이 환경부장관(이하 “위탁자”)으로부터 순환자원정보센터 설치 및 구축·운영사업을 위탁받아 수행하며 순환자원정보센터의 전자입찰서비스를 이용하는 이용자로부터 이용수수료를 받는 경우로서, 해당 이용수수료 전액을 위탁자의 수입으로 하고 사업계획과 예산 집행계획·정산에 대하여 위탁자의 승인을 받으며 사업에 필요한 예산을 모두 위탁자의 부담으로 하는 등 해당 사업이 위탁자의 명의와 계산으로 수행되는 것으로 볼 수 있는 경우, 해당 전자입찰서비스 용역의 공급에 대하여는 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호 및 같은 법 시행령 제46조에 따라 부가가치세가 면제되는 것임”(서면-2018-법령해석부가-2849, 2018. 11. 1.)이라고 하여 예외적인 경우를 인정하기도 하였다.

지방공사 및 지방공단의 대행사업과 부가가치세

(1) 부가가치세 면제 요건

“대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”인 경우 부가가치세가 면제된다(조세특례제한법 제106조 제1항 제6호).

모든 지방공단은 “대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체”에 해당한다(조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호).

반면, 지방공사 중 일부 지방공사만이 부가가치세가 면제 단체에 해당한다. 우선, 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사가 “대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체”에 포함된다(조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제21호). 그리고 지방공사 중 ① 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하고, ② 농수산물도매시장 사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사이며, ③ 해당 지방자치단체에 지방공단이 없는 경우에 한하는 지방공사만이 “대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체”에 해당한다(조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22의2호). 반면, 광역 지방공사 등은 부가가치세 면제 단체에 포함되지 않는다.

그리고 “대통령령으로 정하는 것”이란 지방공단과 면제요건을 갖춘 지방공사(이하, ‘지방공단 등’이라고 함)가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말하며(조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 본문), “기획재정부령이 정하는 사업”이란 “지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업”을 말한다(조세특례제한법 시행규칙 제48조 제2항 및 [별표 10] 22).

(2) 부가가치세 부과 논란

지속적으로 지방공단 등의 대행사업에 대한 부가가치세 부과 논란이 제기되고 있다. 이는 운영적 측면과 법제적 측면으로 간략하게 분석할 수 있다.

우선, 운영적 측면이다. 지방자치단체와 지방공단 등에서 대행사업과 위탁사업을 명확히 구분하지 않기 때문이다. 다수의 지방공단 등에서 다종다양한 이유로 대행사업임에도 불구하고 자신의 명의와 책임으로 사업을 수행하고 있다. 이에 과세관청은 지방공단 등의 대행사업을 위탁사업으로 보아 부가가치세 과세를 고려하게 되는 것이다.

위탁사업과 대행사업의 구분은 일률적으로 판단할 수 없다. 사업별로 사업의 범위, 운영형태, 수익금의 귀속 경위, 협약서의 주요 내용 등 구체적인 사실관계에 따라 판단하게 된다. 대부분의 지방공단 등은 지방자치단체로부터 지급받는 비용으로 사업을 수행하고 남은 비용은 정산·반납하고 있으며, 사업 수행에 따른 모든 사업수익도 지방자치단체에 귀속시키고 있다. 즉, 지방자치단체의 ‘계산’에 의하여 사업을 수행하고 있다는 점 등에서 지방공단 등의 대행사업이 위탁사업으로 간주되는 경우는 예외적일 것으로 보인다. 하지만, 불필요한 논란을 회피하기 위하여 대행사업에 대해서는 지방공단 등의 명의와 책임이 아닌 지방자치단체의 명의와 책임 등으로 사업을 수행하는 것임을 명확히 하여야 할 것이다.

한편, 법제적 측면이다. 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 본문에서는 지방공단 등이 그 고유의 목적사업으로서 국가 또는 지방자치단체의 대행사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대해서 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있지만, 제106조 제8항 단서에서는 부동산임대업 등에 해당하는 사업을 제외한다고 규정하고 있다. 여기서, 대행사업이 제106조 제8항 단서의 사업에 해당하는지 해석상 논란이 되는 것이다. 예컨대, 지방자치단체가 지방공단 등에 맡긴 대행사업이 공유재산인 시설물의 유지·관리 사업인 경우 그 대행사업을 부가가치세 면제에서 제외되는 사업인 부동산임대업으로 볼 수 있는지의 문제이다.

이에 대해 대행사업 그 자체가 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 단서 각 호에 해당한다고 보아 부가가치세를 부과하여야 한다는 견해가 있다(예컨대, 시설물 유지·관리사업은 부동산임대업으로 보는 견해). 반면, 지방공단 등의 대행사업은 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 단서 각호와 구분되는 별도의 사업이라고 할 것이므로 부가가치세를 부과할 수 없다는 견해가 있다.

부가가치세법은 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있다는 점, 이 한국표준산업분류에 따르면 대행사업을 사업시설 유지·관리 서비스업 등으로 볼 것이며 부동산임대업 등으로 볼 수 없다는 점 등에서 부가가치세를 부과할 수 없다는 견해가 좀 더 타당하다고 본다. ‘조세특례제한법 집행기준’(2022년)에서도 ‘정부업무대행단체가 공급하는 재화·용역의 부가가치세 면제’(106-0-5)에서 “정부업무대행단체인 지방공단이 지방자치단체로부터 거주자우선주차와 공영주차장의 운영 및 관리를 위탁받아 단순히 징수업무를 대행하고 지방자치단체의 명의와 계산으로 업무를 수행하고 받는 대행사업비에 대하여는 부가가치세를 면제한다.”라고 규정하고 있다. 즉, 지방공단의 공영주차장 유지·관리 대행사업을 ‘주차장운영업 및 자동차견인업’으로 보지 않는 것이다.

그럼에도, 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항은 해석상 논란의 여지가 있다는 점에서 개정의 여지가 있다고 보인다.

출연기관과 부가가치세

조세특례제한법에서는 출자·출연기관에 관한 부가가치세 면제에 대해서 별도로 규정하고 있지 않다.

다만, 비영리법인인 출연기관의 경우 공익목적단체의 특례인 “종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”(부가가치세 제26조 제1항 제18호)에 해당할 경우 부가가치세가 면제될 수 있다. 여기서 대통령령으로 정하는 것에는 “주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역”(부가가치세법 시행령 제45조 제1호)에 해당하는지가 직접적으로 관련이 있다.

문제는 출연기관이 제공하는 재화 또는 용역이 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는지 여부이다. 물론, 출연기관의 구체적인 사업 수행의 실질에 따라 달리 결정될 사항이다. 다만, 출연기관이 민간기관과 마찬가지로 실비 차원이 아닌 적극적으로 수익 창출의 목적으로 사업을 수행한다고 한다면 부가가치세가 부과될 수 있음을 유의하여야 할 것이다.

조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세의 면제 등)
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호에도 불구하고 적용한다.
  1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업
  2. 「부가가치세법 시행령」 제3조 제2항에 규정된 사업
  3. 부동산임대업
  4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업
  5. 수상오락서비스업
  6. 유원지·테마파크운영업
  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

장호진

지방공기업평가원
연구위원·법학박사·변호사

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