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Q. 질의

우리 공단은 신규사업으로 지방자치단체의 대표 축제사업을 대행하여 수행하고 있습니다. 해당 축제사업은 보조금을 지급받아 운영하는데, 해당 사업에서 발생한 수익금(입장료 등)을 어떻게 처리하여야 하는지 질의합니다.

A. 답변

(1) 대행사업의 수익금 처리 문제
공단이 축제사업을 대항함에 따라 지급받는 보조금의 실질은 대행사업비로 보입니다.

지방공기업법에서는 “공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.”라고 규정하고 있고(제71조 제1항, 제76조 제2항에 따라 공단 준용), 지방자치단체 출자·출연 기관의 운영에 관한 법률에서도 “출자·출연기관은 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있다. 이 경우 그 대행에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.”(제21조 제1항)라고 규정하고 있습니다.

이 대행사업에 대한 위험과 효익은 지방자치단체에서 부담하기 때문에 해당 사업에서 발생하는 수익은 지방자치단체에 반납하고 대행사업비를 교부받아 사업을 수행하는 경우가 많습니다. 하지만, 이 수익금을 해당 대행사업의 운영비에 직접 충당할 수 있는지 여부에 대해서는 정해진 사항이 없습니다. 이에 수익금을 반납하고 대행사업비로 교부받는 방법과 수익금을 운영비에 충당하여 직접 사용하는 방법 모두 실질적으로 지방자치단체가 부담하는 비용이라는 점에서는 동일하다고 보입니다.

따라서 수익금을 운영비에 직접 충당하거나 지방자치단체에 반납한 후 대행사업비로 지급받는 운영 방법 모두 가능하므로 지방자치단체와 협의에 따라 결정할 수 있을 것으로 보입니다.

(2) 대행사업의 세금계산서 또는 계산서 발급 문제
공단에서 수익금을 반납하지 않고 직접 사용하는 경우에는 계산서 발급이나 부가세 납부의 문제가 발생할 수 있는 점을 고려해야 합니다.

부가가치세법 제26조 제1항 제9호1) 및 같은 법 시행령 제46조2)에서는 부동산임대업 등 일부 용역을 제외하고 지방자치단체가 공급하는 용역은 부가가치세가 면제된다고 정하고 있습니다. 대행사업의 경우, 지방자치단체에서 위험과 효익을 모두 부담하고 수익금을 지방자치단체 명의로 지급받으므로, 공단에서 대행 운영을 하더라도 지방자치단체에서 직접 용역을 제공한 것으로 보아 공단의 부가가치세 납부 및 계산서 발급 의무가 면제됩니다. 이에 관한 정부의 행정해석에 따르면, “사업자의 책임과 계산하에 사업을 진행하는 경우 그 받은 금액을 공급가액으로 하며 단순 위수탁계약에 의하여 각 과업 중 확정된 예산을 집행하고 나머지 과업을 직접 수행하는 경우에는 단순 자금집행에 해당하는 금액을 제외한 금액을 공급가액으로 함”(부가, 서면-2017-2559, [부가가치세과-2863], 2017. 12. 26.)이라고 하였습니다.

그리고 조세심판원은 “○○○○○로부터 위탁받은 13개 대행사업비에 대한 정산내역서 등에 의하면, ○○○○○가 대행사업별로 전년도의 세입실적(당일 또는 익일에 전액 세입조치)과 증감추이를 반영하여 ○○○○○의 예산으로 편성·확정된 사업비를 월별·분기별로 수령하여 대행사업별 종사직원의 인건비와 경비에 사용하고 그 잔액(예산집행잔액 및 자금정산반납액으로 표기)을 매년 말일 ○○○○○의 일반회계로 반납하며, 또한 간접관리비도 청구법인의 본부(지원부서) 인건비나 경비에 사용되는 것으로 확인되고 있어 대행사업비는 청구법인의 고유목적사업인 ○○○○○○○○의 위탁관리에 따른 운영경비를 보전받는 것에 불과할 뿐 수익성이 있는 사업으로는 보기 어렵다.” (조세심판원 2006. 7. 25. 국심2005서0820)라고 하였습니다.

참고로, 공단은 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호3) 및 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호에 따라 부가가치세가 면제되지만, 조세특례제한법 제106조 제8항에 의해 일부 용역에 대해서는 부가가치세가 과세됩니다. 또한, 부가가치세가 면제라고 하더라도 공단에서 직접 용역을 제공하는 경우에는 계산서 발급의무가 있을 수 있음을 유의하여야 합니다.

자료 제공: 최순웅 공인회계사

1) 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

2) 제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제3조제1항에 따른 일반군무원, 그 밖에 이들의 직계존속·비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 소매업, 음식점업·숙박업, 기타 스포츠시설 운영업(골프 연습장 운영업은 제외한다) 관련 재화 또는 용역
나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역
다. 국가 또는 지방자치단체가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사업시행자로부터 같은 법 제4조제1호 및 제2호의 방식에 따라 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설 용역을 기부 채납받고 그 대가로 부여하는 시설관리운영권

3) 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

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